《虫之歌》中的“虫”是一种异型怪物，在给予这些“附虫者”（虫凭き）超能力的同时，作为代价给“附虫者”带来了世人的恐惧和憎恨，乃至要被从社会上抹杀的境地。故事要从高校生药屋大助在转校初日与一个名为杏本诗歌的少女相遇开始。一脸忧郁的弱气LOLI诗歌是从收容“附虫者”的极秘组织“GARDEN”中出逃的逃亡者，大助立刻接收到好人共鸣，决定帮助她。而负责将“附虫者”从世间抹杀的政府机关“特别环境保全事务局”简称“特环”则派出了杀手追杀诗歌。