二代的剧情分油轮篇海洋设施篇。 【 油轮篇 】 　夏德.莫些斯岛事件后，经由利波尔巴.奥瑟罗特的途径，不少关于合金装备的机密技术情报流通至地下市场。合金装备的变种武器在世界中扩散，对核武装国来说，合金装备不再是什么稀奇玩意。成为反合金装备集团成员的前作男主角.索里德 斯涅克在偶然的机会下掌握了关于新型合金装备的秘密运送的情报，接收到该情报的同一组织成员.男主角SNAKE潜入伪装成油轮运送船里，展开行动。但是，犹如是“被计划的偶然”，SNAKE刚潜入不久，油轮便被身份不明的武装集团占领了…… 【 海洋设施篇 】 油轮篇中，SNAKE所潜入的油轮的沉没事件两年后，为了处理从油轮中泄漏的大量原油，政府在曼哈顿冲建造了海洋净水设施『比格.谢尔』。有一日，这个被外界普遍认为是环境保护工程的设施，被自称“自由小子联盟”的武装集团占领了。 他们以前去视察的大总统为人质，在『比格.谢尔』里设置了大量炸弹，并向政府提出了高额的金钱要求。若他们设置的炸弹被引爆，将诱发大规模化学灾害，有史以来最恶劣的环境破坏事件迫在眉睫…… 为应付前所未有的紧急事态，政府要求新兴特殊部队FOX HOUDN的成员出击。身为FOX HOUDN成员，第一次参加实战的该篇主角.雷电接到了自海面下单独潜入海洋设施的任务…… (编辑：心语剑)